益生菌这一概念最早源自希腊语“for life”，意思为：对生命有益。
资料显示，酸奶发酵产生的益生菌可能是最早被人类食用的益生菌。早在公元前2000年，就有资料记载在人类保存并运送马奶的过程中，产生了酸奶及其他奶制品，例如奶酪、酸奶等。
20世纪初，获得诺贝尔医学奖的**细菌学家埃黎耶·埃黎赫·梅契尼可夫（Ilya Ilyich Metchnikoff）第一个将“益生菌”和“健康”结合起来，他研究36个国家的人口数据时发现，彼时保加利亚百岁老人的数目居各国之首。经过进一步研究保加利亚人的生活与其他因素后，梅契尼可夫认为，保加利亚人长寿的原因在于他们长期、大量地饮用酸奶。因此，梅契尼可夫也被称作“益生菌之父”。
从此之后，“益生菌”概念被全世界大量乳企铭记并且运用，成为酸奶营销的经典案例，例如上海光明乳业莫斯利安酸奶就曾在官网描述长寿村的故事。
在中国的益生菌饮品市场中，认知度最高的企业无疑是日本品牌养乐多。
20世纪初，养乐多集团创始人代田稔在京都大学医学部的微生物学教研室里，成功分离并强化培育出可以活着到达肠道并发挥有益作用的乳酸菌。这种乳酸菌后来以他的名字命名为“干酪乳杆菌代田株”( Lactobacillus casei strain Shirota)。这是目前应用历史最为悠久的菌株之一。
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2001年，联合国粮食及农业组织和世界卫生组织将“益生菌”明确规定为“当摄入足够数量时，对宿主产生健康益处的活性微生物”。
全球调研机构Euromonitor数据显示，2019年，全球益生菌补充剂收入61亿美元，同比增长7.5%；中国益生菌补充剂市场收入42.4亿元人民币，同比增长18%，已成为全球益生菌补充剂第二大消费市场。另外，中国益生菌在乳制品中的应用约占全球益生菌产品的66%。
